1、國際注冊申請
國際注冊申請，是指根據《馬德里協定》、《馬德里議定書》及其《共同實施細則》的規定提交的商標國際注冊書面申請。在國際注冊申請中，申請人應當以書面申請的方式，請求通過國際注冊取得的保護延伸以其他的締約方。所以，國際注冊申請通常也稱為領土延伸申請。在國際注冊申請中，申請人一般應當明確指定尋求保護的締約方（通常稱為“被指定締約方”），但該指定不能包括申請人自己所在的締約方。只有經過指定，被指定締約方才能由世界知識產權組織國際局（以下同）在商標國際注冊簿登記，其法律后果是申請人的商標國際注冊的效力延伸到被指定締約方。未在申請書中明確指定締約方的，國際局不予登記，其法律后果是申請人的商標國際注冊的效力不能延伸到該被指定締約方。
2、締約方
“馬德里”商標國際注冊分為協定締約方和議定書締約方。
協定締約方是指加入《馬德里協定》的國家。
議定書締約方是指加入《馬德里協定有關議定書》的國家或政府間組織。
純議定書締約方是指加入《馬德里協定》而未加入《馬德里協定有關議定書》的國家或政府間組織。
協定和議定書共同締約方是指是即加入了《馬德里協定》又加入了《馬德里協定有關議定書》的國家，如中國、德國、西班牙、法國等等，對這些締約方仍適用協定。
3、國際局及其注冊
國際局是指世界知識產權組織國際局，其工作內容之一是負責商標國際注冊。國際局的注冊，是指經對原屬國轉來的商標國際注冊申請進行形式審查，認為符合形式要件的，國際局對該商標予以注冊。國際局的注冊稱為“國際注冊”。國際局的注冊意味著在其注冊簿登記了國際注冊商標的各個有關事項，如注冊人名義和地址、國際注冊號、商標、商品或服務項目及其所在的尼斯分類的類別、被指定締約方等等。國際局還在其出版的名為《國際商標》的期刊上刊登經該局注冊的商標的有關事項，其內容基本同于注冊簿登記的內容。此外，國際局還直接向國際商標注冊人頒發注冊證，有代理人的，發給該代理人，但有關締約方聲明由原屬國商標注冊機關接收、轉寄注冊證的除外。
國際局的注冊不具有被指定締約方保護的效力，頒發的注冊證也不能視為已經在被指定締約方獲得注冊。這是因為，只有經過被指定締約方的審查，被指定締約方才有可能予以保護。而此時的國際局注冊的商標國際注冊申請還沒有遞交的被指定締約方，還沒有經過締約方的審查，所以還談不上在被指定締約方的保護。
4、原屬國及其原屬局
根據《馬德里協定》，原屬國是指申請人設有真實有效工商營業場所的特別聯盟國家；如果在特別聯盟國家中沒有真實有效工商營業場所的，則指申請人的住所所在的特別聯盟國家；如果在特別聯盟國家境內沒有住所，但為特別聯盟國家國民的，則指其國所在的國家。《馬德里議定書》對原屬國沒有明確規定，但可以理解為符合上述三個條件的《馬德里議定書》的締約方，其中包括締約國家和締約組織。
原屬局是指原屬國主管商標注冊的機關。根據《馬德里協定》，原屬局是指締約國家負責商標注冊的主管機關；而在《馬德里議定書》下，原屬局可以是締約國家負責商標注冊的主管機關，也可以是締約組織負責商標注冊的主管機關。在我國，原屬局是國家工商行政管理總局商標局（以下簡稱“商標局”）。在其他締約方，原屬局是指申請人所在的締約方負責商標注冊的機關。其他締約方商標注冊主管機關的名稱有的叫“專利局”或“專利商標局”，也有的稱為“工業產權局”或“知識產權局”。
5、申請人資格
締約方的國民，或者是在締約方中有住所，或者在締約方中有真實有效的工商營業場所的，有資格申請商標國際注冊。
6、商標基礎注冊或基礎申請與商標國際注冊申請的關系
商標基礎注冊，也稱基礎注冊，是指商標所有人在其所在的原屬國商標注冊機關獲得的國內商標注冊。商標注冊申請，也稱基礎申請，是指商標持有人已經以書面形式向其所在的原屬國商標注冊機關提交了正式的商標國內注冊申請。
商標所有人獲得商標基礎注冊后，可以在商標國際注冊申請中指定除中國外的所有其他締約方。
申請人提出了基礎申請，但還沒有獲得基礎注冊的，僅僅可以在商標國際注冊申請中指定純《馬德里議定書》締約方。
商標是否在原屬國獲得了注冊，以申請人取得了該國商標注冊證為準，其他任何形式的文件均不得作為取得商標注冊的證據。
7、領土延伸申請
商標國際注冊的注冊申請人將自己的商標指定到馬德里聯盟成員國予以保護的申請，就叫領土延伸。
領土延伸申請又分為領土延伸申請和后領土延伸申請。領土延伸申請是指申請人在申請商標國際注冊的同時，在國際注冊申請書的有關欄目中指明要求給予保護的國家，國際注冊和領土延伸兩者同時進行。后期領土延伸申請指的是注冊人在其商標獲得國際注冊之后，又需要在馬德里聯盟成員國中增加其商標保護國的申請。
簡言之，就是商標國際注冊的申請人將自己需要保護的商標通過國際局在指定的馬德里聯盟成員國申請商標注冊保護。
8、優先權
優先權原則是《巴黎公約》的重要原則之一。該原則適用于馬德里體系的商標國際注冊，即商標國際注冊申請人的基礎申請可以在商標國際注冊申請時享有優先權。
9、被指定締約方的保護、駁回及其期限
被指定締約方的保護，是指被指定締約方商標注冊機關（也稱“主管局”，以下同）依其法律，對領土延伸申請進行審查,并做出給予保護的決定，此處的“保護”等同于通常意義上的商標注冊。之所以稱為“保護”，是為了區別國際局的注冊。商標獲得保護后，商標所有人可以在法定的保護期內，在商標得到保護的被指定締約方域內行使注冊商標權。
被指定締約方的駁回，是指被締約方主管局依其法律，對領土延伸申請進行審查,對該商標做出的不予保護的決定。駁回可以是全部駁回，也可以是部分駁回。所謂全部駁回，是指被指定締約方主管局就全部商品或服務對申請商標予以駁回；所謂部分駁回，則是指被指定締約方主管局就部分商品或服務對商標實施駁回，未駁回的部分，予以保護。駁回的，被締約方主管局在法定的期限內以駁回通知書的形式告之國際局。駁回通知書注明實施駁回的主管局名義/地址、駁回的商標、商品或服務項目、駁回的理由、駁回所依據的法律條文、駁回的日期、復審或起訴的期限、復審或起訴的受理機關等等。
《馬德里協定》規定的駁回期限與《馬德里議定書》規定的期限不太一樣。《馬德里協定》締約方行使駁回權利的期限為12個月；而《馬德里議定書》締約方行使駁回權利的期限可以為12個月，也可以為18個月。如果適用18個月期限，被指定締約方應當向世界知識產權組織聲明：12個月的駁回期限由18個月代替。如果在《馬德里協定》或《馬德里議定書》規定的12個月或者18個月內，被指定締約方未能行使駁回權利的，則不論領土延伸申請的商標是否違反了被指定締約方的法律規定，都自動在被指定締約方得到保護。無論是協定的駁回期限還是議定書規定的駁回期限，其起始日為領土延伸申請書注明的通知日，而不是商標的國際注冊日或其他日期如優先權日。
可以看出，在駁回時限上，《馬德里議定書》比《馬德里協定》不僅更具有靈活性，為議定書締約方提供了更多的選擇，而且時間上也比后者長了6個月。這個結果一直是美國、英國、日本等國所追求的。
10、國際注冊的依附與國際注冊的獨立
國際注冊的依附，是指一個商標在自其國際注冊之日起的5年內，如果基礎申請或者基礎注冊被終局駁回、注銷、撤銷、宣布無效，或者因商標被駁回、撤銷注冊等提起了訴訟，國際注冊不再有效了。這通常稱為“中心打擊”。
商標國際注冊的獨立性，是指在商標國際注冊之日起5年期滿后，基礎申請或者基礎注冊發生以上情況的，商標國際注冊仍然有效。
雖然在《馬德里協定》和《馬德里議定書》中都規定有“中心打擊”，但二者有所不同：“中心打擊”發生之后，《馬德里協定》沒有給商標國際注冊的注冊人任何救濟機會來取得被指定締約方的保護，而《馬德里議定書》卻允許注冊人就同一個商標在向曾經給予保護的被指定締約方申請國家注冊。這一點也是美、英、日等國爭取的結果。在他們看來，《馬德里協定》規定的“中心打擊”過于“殘酷”，不利商標所有人在被指定締約方繼續尋求商標保護。